Los demócratas, que controlan la Cámara de Representantes, no atrajeron el apoyo republicano suficiente para alcanzar la mayoría de dos tercios para la anulación.
Tras la votación de 248-181, Trump puede continuar buscando en las cuentas federales dinero para redestinar a su proyecto de muro.
La disputa por la declaración de emergencia se dará ahora en los tribunales, donde hay varias demandas.
Trump declaró la emergencia en la frontera sur el 15 de febrero, en un intento por eludir al Congreso y transferir fondos de los contribuyentes a su propuesta para levantar el muro. El Congreso se había negado durante dos años a cumplir con sus demandas para financiar la muralla fronteriza.